Sa My Special Tatay, tunghayan ang kuwento ni Boyet (Ken Chan), isang binatang mayroong mild intellectual disability. Ang tahimik at simpleng niyang buhay kasama ang kaniyang single mom na si Isay (Lilet) ay mabubulabog nang malaman nilang may sanggol na anak si Boyet. Sa kabila ng kanilang estado sa buhay at kondisyon ni Boyet, aalagaan nila ang bata sa abot ng kanilang makakaya. Tutulungan din sila ng tiyahin niyang si Chona (Candy Pangilinan) at ng childhood friend / crush niyang si Carol (Arra San Agustin).

Mapupunan kaya nila ang mga pangangailangan ng sanggol? Ano'ng klaseng pagsubok din ang kakaharapin ng kanilang munting pamilya? Magagampanan ba ni Boyet ang kaniyang responsibilidad bilang ama sa kabila ng kaniyang kapansanan? Abangan ang lahat ng iyan sa My Special Tatay.